Das Bundesamt für Kommunikation wird zusammen mit weiteren 21 Verwaltungseinheiten der Bundesverwaltung vom Bundesrat mittels Leistungsauftrag und Globalbudget im Rahmen des Programms FLAG geführt. Im Leistungsauftrag legt der Bundesrat die strategische Ausrichtung, die Vorgaben für Wirkungen und Leistungen sowie den finanziellen Rahmen der Verwaltungseinheiten fest. Der Leistungsauftrag wird nach Konsultation der zuständigen Kommissionen von National- und Ständerat vom Bundesrat in der Regel für eine Legislaturperiode erteilt.
Ab 2012 steht eine neue Leistungsauftragsperiode bevor. Auf Basis des Wirkungs- und Leistungsberichtes zum auslaufenden BAKOM-Leistungsauftrag (2009 – 2011) wurde Anfang 2011 der Entwurf des neuen Leistungsauftrages (2012 bis 2015) erarbeitet und das Konsultationsverfahren durchgeführt. Die Koordination der Arbeiten oblagen dabei der Leitung der Abteilung Betriebswirtschaft und Organisation.
Nach erfolgreich durchgeführter Konsultation der zuständigen Kommissionen von National- und Ständerat verabschiedete der Bundesrat im Dezember den neuen Leistungsauftrag für das BAKOM. Dieser trat dann am 1. Januar 2012 in Kraft.
Im Bereich Informatik der Abteilung Betriebswirtschaft und Organisation wurde an der Erweiterung der E-Government-Anwendungen des BAKOM gearbeitet. Auf der Web-Plattform "BAKOM Online" wurden zusammen mit den verschiedenen Fachbereichen des Amtes die Online-Anwendungen für weitere Produkte und Dienstleistungen aufgeschaltet.
Zudem wurde im Finanzbereich des BAKOM (wie im gesamten Department für Umwelt Verkehr, Energie und Kommunikation UVEK) nach der Einführung der elektronischen Rechnungsstellung im Vorjahr, 2011 der elektronische Kreditorenworkflow als weiterer Baustein zur Umsetzung der E-Government-Strategie des Bundesrates eingeführt.
Christine Fuchs, Abteilungsleiterin